Настоящее развитие отечественной колопроктологии началось в 1950-х годах, когда по инициативе профессора А.Н. Рыжих (Москва) и А.М. Аминева (Куйбышев) были созданы специализированные проктологические отделения, на базе которых формировались крупные научные школы - основные центры подготовки специалистов-проктологов. В 1965 г. отделение было преобразовано в научно-исследовательскую лабораторию (НИЛ) проктологии с клиникой Министерства здравоохранения РСФСР. По инициативе профессора А.Н. Рыжих было возведено специальное десятиэтажное здание, в котором были развернуты клинические и лабораторные подразделения, ставшие Институтом проктологии, ныне ФГБУ "НМИЦ им. А.Н. Рыжих" Минздрава России. С 1965 по 1969 г директором клиники был основоположник первой в СССР научной школы проктологов профессор А.Н.Рыжих.
С 1972 по 1988 года, директором клиники был академик АМН СССР В.Д. Федоров (1933 - 2010 гг.). С именем академика В.Д. Федорова связано становление колопроктологии как специальности, осуществлены ключевые мероприятия по развитию этого направления медицины в СССР.
С 1976 года на базе центра открывается кафедра колопроктологии Российской медицинской академии последипломного образования. В январе 1978 года клиника приобретает статус Всесоюзного головного Научно-методического и консультативного центра колопроктологии.
В 1988 году проктология внесена в перечень новых медицинских специальностей (приказ МЗ СССР № 60). Развитие клиники после 80-х годов.
С 1988 года директором клиники назначен академик РАМН, д.м.н., профессор Г.И. Воробьев (1938-2010 гг.).
Под руководством Г.И. Воробьева разработаны различные аспекты колопроктологии. Среди них важное место занимают способы диагностики и лечения аномалий толстой кишки. Совершенствуются методики восстановительных и реконструктивных операций на толстой кишке.
По инициативе Г.И. Воробьева в России создана служба реабилитации стомированных больных.
В 1991 году приказом Высшей аттестационной комиссии был утвержден диссертационный совет Д 208.021.01.
1992 г. по инициативе ФГБУ "НМИЦ им. А.Н. Рыжих" Минздрава России создана Ассоциация колопроктологов России, насчитывающая в настоящее время более 800 членов. Под ее эгидой ежегодно проводятся научные конференции по актуальным проблемам колопроктологии.
В 1997 году благодаря усилиям ведущих специалистов центра была утверждена специальность "колопроктология". В 2011 году центр возглавил профессор Юрий Анатольевич Шелыгин - ученик академиков ВД. Федорова и Г.И. Воробьева, связавший свою профессиональную деятельность с Государственным Научным Центром колопроктологии сразу по окончании 1-го Московского медицинского института им. И.М.Сеченова в 1974 году.
В августе 2019 года было завершено строительство нового лечебного корпуса, оснащенного самым современным оборудованием. Новый лечебный корпус расширил возможности для оказания помощи пациентам колопроктологического профиля.
11 октября 2019 года открыт новый корпус ФГБУ «НМИЦ колопроктологии имени А.Н. Рыжих» Минздрава России. Торжественную церемонию провела Министр здравоохранения Российской Федерации Вероника Игоревна Скворцова. В ходе визита в новый корпус Министр здравоохранения посетила самые современные и высокотехнологичные отделения центра – отделение малоинвазивной проктологии и тазовой хирургии, отделение малоинвазивной хирургии колоректального рака, отделение хирургии воспалительных заболеваний кишечника, а также патоморфологическое отделение экспертного уровня, являющееся национальным референс-центром иммуногистохимических и патоморфологических исследований, отделение эндоскопической диагностики и хирургии, научно-консультативную поликлинику и симуляционный центр.
В январе 2020 года учреждению присвоен статус Национального медицинского исследовательского центра — и это событие не только открывает новую страницу в истории Центра, но и дает широкие перспективы для дальнейшего развития всей отечественной колопроктологии.
В настоящее время ФГБУ «НМИЦ колопроктологии имени А.Н. Рыжих» Минздрава России имеет в своей структуре клинические и научные подразделения. В состав клинического отдела входит 8 отделений, 6 диагностических отделений. Кроме клинических подразделений в составе Центра имеется научно-организационный отдел.
Важной составляющей работы ФГБУ «НМИЦ колопроктологии имени А.Н. Рыжих» Минздрава России является подготовка квалифицированных врачей колопроктологов. С момента утверждения в 1997 году специальности "колопроктология" в стенах института закончили обучение в ординатуре более 200 молодых специалистов, в настоящее время работающих во многих лечебных учреждениях страны и за рубежом.
Являясь головным учреждением Российской Федерации, ФГБУ «НМИЦ колопроктологии имени А.Н. Рыжих» Минздрава России интегрирован в международный научный процесс: сотрудники института состоят в редакционных коллегиях ведущих международных изданий, широко представлены в научных комитетах таких международных сообществ как Европейский Совет по колопроктологии, Всемирная Ассоциация университетских колоректальных хирургов. В 2005 году в Москве по инициативе ФГБУ "НМИЦ им. А.Н. Рыжих" Минздрава России был проведен XII Международный Центрально-европейский конгресс колопроктологов.
Учреждение с полувековыми традициями - Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр колопроктологии имени А.Н. Рыжих» Министерства здравоохранения Российской Федерации продолжает свое развитие, оставаясь на передовых позициях медицинской науки и практики.
2 ноября 2021 года Министр здравоохранения Российской Федерации Михаил Альбертович Мурашко назначил доктора медицинских наук, профессора Сергея Ивановича Ачкасова на должность директора «НМИЦ колопроктологии им. А.Н. Рыжих» Минздрава России. Сергей Иванович Ачкасов в стенах Центра прошел путь от клинического ординатора до заместителя директора по инновационному развитию.