НАУЧНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ Научные исследования лаборатории тесно связаны с клиникой, носят прикладной характер, чаще всего имеют непосредственный выход в практику и осуществляются в основном по следующим направлениям:

• Комплексное клинико-лабораторное изучение микроэкологии кишечника, в основе которого лежит оценка функциональной активности микроорганизмов для формирования целостной картины биоценоза, прогнозирования развития клинических проявлений нарушения микрофлоры кишечника, адекватная коррекция нарушений микрофлоры с использованием пробиотиков и фагов.
• Разработка критериев оценки нарушений межмикробных взаимодействий толстокишечной микробиоты и методы коррекции ее при язвенном колите и болезни Крона. Определение маркеров микробиологических и / молекулярных для прогнозирования течения язвенного колита, болезни Крона и эффективности консервативного лечения.
• Разработка и усовершенствование методов микробиологической диагностики гнойно-воспалительных заболеваний в колопроктологии.
• Разработка критериев оценки эпидемиологического состояния отделений Центра по результатам микробиологического мониторинга (профилактика вспышечной заболеваемости, вопросы стратегии и тактики применения антибиотиков).
• Разработка скринингового метода диагностики, профилактики и стратегии и тактики применения антибиотиков при псевдомембранозном колите, ассоциированным с Clostridium difficile.
• Иммунологические исследования, проводимые в ФГБУ «НМИЦ им. А.Н.Рыжих» Минздрава России в течение многих лет, были посвящены изучению иммунного статуса больных воспалительными и онкологическими заболеваниями толстой кишки и анального канала, диагностике и коррекции вторичных иммунодефицитных состояний в процесс хирургического лечения, иммунопатогенеза язвенного колита и болезни Крона, включая непосредственные иммуногистологические и иммуноцитологические исследования толстой кишки. Результаты исследований были обобщены во многих публикациях, 3 докторских диссертациях, монографии «Вторичные иммунодефициты», руководстве «Воспалительные заболевания кишечника» и др.
• В отделе ведётся научно-исследовательская работа по различным аспектам иммунопатогенеза воспалительных и функциональных заболеваний кишечника. Исследования включают изучение профиля цитокинов и популяций лимфоцитов крови и биоптатов толстой кишки больных язвенным колитом и синдромом раздражённого кишечника, анализ изменений провоспалительных и противовоспалительных цитокинов, изучение иммунологических механизмов осложнений при проведении антицитокиновой терапии больных воспалительными заболеваниями кишечника, методов прогнозирования резистентности к антицитокиновой терапии.
• Оценка адаптивного звена иммунитета при поражениях, ассоциированных как с инфекцией Clostridium difficile, так и с течением ВЗК.

Результаты исследований регулярно представляются на международных и Российских съездах и конференциях, докладываются на научных обществах и семинарах.